Ήταν νωρίς το πρωί της Δευτέρας, 15 Ιουλίου 1974, όταν ο Μακάριος πήρε τον δρόμο προς το Προεδρικό Μέγαρο. Η πομπή του Μακαρίου πέρασε μπροστά από το στρατόπεδο της Εθνικής Φρουράς στην Κοκκινοτριμιθιά όπου τα τανκς αρχίσαν να προετοιμάζονται για το πραξικόπημα. Παρόλα αυτά ο Μακάριος πέρασε ανενόχλητος από το σημείο χωρίς η συνοδεία του να παρατηρήσει κάτι ύποπτο.
Γύρω στις 8:15 το πρωί, τα πρώτα τεθωρακισμένα αρχίσαν να βγαίνουν από τη βάση τους και να κατευθύνονται προς το Προεδρικό Μέγαρο, την ίδια στιγμή που μια μοίρα καταδρομών άρχισε να καταλαμβάνει καίρια κτίρια της Πρωτεύουσας. Κατέλαβαν το Ραδιοφωνικό Ίδρυα Κύπρου, τον Εθνικό Αερολιμένα Λευκωσίας, το Αρχηγείο της Αστυνομίας, καίρια κυβερνητικά Γραφεία, το Κέντρο Τηλεπικοινωνιών και μια σειρά από άλλα νευραλγικά πόστα. Το από καιρό προετοιμαζόμενο πραξικόπημα κατά του Μακάριο είχε ήδη ξεσπάσει με το σύνθημα «Ο Αλέξανδρος εισήλθε εις το νοσοκομείο».
Την ώρα που ξέσπασε το πραξικόπημα ο Μακάριος βρισκόταν στο Προεδρικό Μέγαρο µε μια ομάδα μαθητών από την Αίγυπτο. Έξω από το κτίριο είχαν εμφανιστεί δύο άρματα μάχης με τις κάννες του στραμμένες προς την είσοδο του Μεγάρου και δεκάδες πάνοπλοι καταδρομείς. Κάποιο από τα παιδιά άκουσε τους πυροβολισμούς, αλλά ο Μακάριος τα καθησύχασε. Όταν τα πυρά πύκνωσαν και το Προεδρικό Μέγαρο άρχισε να κανονιοβολείται, ο Μακάριος, αφού προστάτευσε τα παιδιά, διέφυγε από τη μοναδική αφύλακτη είσοδο στα δυτικά του κτιρίου. Με τη βοήθεια των τριών σωματοφυλάκων του και ντυμένος με πολιτικά ρούχα, ακολούθησε την κοίτη ενός παρακείμενου χειμάρρου και τελικά έφθασε στη Μονή Κύκκου, από όπου αργότερα πήρε τον δρόμο για την Πάφο.
Μέχρι το μεσημέρι, οι πραξικοπηματίες είχαν καταλάβει σχεδόν ολόκληρη τη Λευκωσία και θεωρώντας τον Μακάριο νεκρό αρχίσαν να μεταδίδουν τον θάνατο του από το ΡΙΚ. Παράλληλα άρχισαν να ψάχνουν το πρόσωπο που θα αναλάμβανε την προεδρία της Κύπρου καταλήγοντας τελικά στον πρώην αγωνιστή της ΕΟΚΑ Νίκο Σαμψών.
Ο Μακάριος, πληροφορούμενος τα γεγονότα άρχισε να ψάχνει τρόπους να επικοινωνήσει με τον λαό του. Αφού πληροφορήθηκε ότι υπήρχε ενας μικρός ραδιοφωνικός σταθμός στην Πάφο, ηχογράφησε ένα μήνυμα το οποίο μεταδόθηκε από τον υποσταθμό παγώνοντας στην κυριολεξία τους πραξικοπηματίες:
«Ελληνικέ Κυπριακέ Λαέ! Γνώριμη είναι η φωνή που ακούεις. Γνωρίζεις, ποιος σου ομιλεί. Είμαι ο Μακάριος. Είμαι εκείνος, τον οποίο συ εξέλεξες δια να είναι ο ηγέτης σου. Δεν είμαι νεκρός. Είμαι ζωντανός. Και είμαι μαζί σου, συναγωνιστής και σημαιοφόρος εις τον κοινόν αγώνα. Το πραξικόπημα της χούντας απέτυχε. Εγώ ήμουν ο στόχος της και εγώ, εφόσον ζω, η Χούντα εις την Κύπρον δεν θα περάση. Η Χούντα απεφάσισε να καταστρέψη την Κύπρο.Να την διχοτομήση.Αλλά δεν θα το κατορθώση.Πρόβαλε παντοιοτρόπως αντίστασιν εις την Χούντα. Μη φοβηθής. Ενταχθήτε όλοι εις τα νομίμους δυνάμεις του κράτους. Η Χούντα δεν πρέπει να περάση και δεν θα περάση. Νυν υπέρ πάντων ο αγών!»
Μέχρι την 16η Ιουλίου η Κύπρος βρισκόταν υπό τον έλεγχο των πραξικοπηματιών. Το τίμημα του πραξικοπήματος ήταν βαρύ, καθώς 450 περίπου άνθρωποι έπεσαν νεκροί. Ο Μακάριος, αφού διανυκτέρευσε στο στρατόπεδο του ΟΗΕ στην Πάφο, επιβιβάστηκε σε αγγλικό στρατιωτικό αεροπλάνο και έφθασε στο Λονδίνο.
Την ίδια μέρα που εκδηλώθηκε το πραξικόπημα, η Τουρκία έθεσε τις στρατιωτικές της δυνάμεις σε επιφυλακή, δηλώνοντας ότι ανετράπη η συνταγματική τάξη στο νησί. Στην Άγκυρα συνήλθε το Συμβούλιο Εθνικής Ασφαλείας με αφορμή την κατάσταση στην Κύπρο. Οι στρατιωτικοί διαβεβαίωσαν τον τότε πρωθυπουργό Μπουλέντ Ετσεβίτ ότι θα είναι έτοιμοι για απόβαση στην Κύπρο μέσα σε πέντε ημέρες. Μια νέα σελίδα με μαύρα γράμματα έμελλε να γραφτεί στην Ιστορία της Κύπρου.